鰱鳙魚是典型的東亞特有鯉科魚類, 在我國是最大的經濟魚類養殖群體, 為我國提供了大量的優質水產蛋白資源。有趣的是，“胖頭魚”等亞洲鯉魚作為中國暢銷美食，在美國卻有另一番景象。上個世紀70年代，美國的很多水域都會出現雜草和寄生蟲，便從我國引進了不少鰱、鳙魚等（與草魚、鯉魚一起被稱亞洲鯉魚）來解決這些麻煩，由于沒有天敵，又不是當地的食用魚類，它們反而演變成入侵物種，泛濫成災。

近日，中國科學院水生生物研究所研究員何舜平團隊等在Molecular Ecology Resources在線發表了題為Whole genome sequencing of silver carp (Hypophthalmichthys molitrix) and bighead carp (Hypophthalmichthys nobilis) provide novel insights into their evolution and speciation的研究論文。研究人員利用短讀長測序技術，結合遺傳圖譜輔助掛載染色體的組裝策略，獲得連續性較好、準確度高的染色體水平的鰱魚和鳙魚基因組；同時對鰱魚20個野生樣本（珠江7個，黑龍江4個和長江9個），鳙魚22個野生樣本（珠江8個，黑龍江4個和長江10個）進行群體重測序分析。該研究揭示了東亞鯉科魚類的進化歷史，并進一步探討了鰱魚、鳙魚物種形成，群體分化的遺傳學基礎。

研究分析發現，包括鰱魚、鳙魚和草魚、團頭魴在內的東亞鯉科魚類在920萬年前左右分化出來，東亞鯉科魚類在形成之后，物種快速進化并適應新環境，與其他鯉科魚類逐漸分化。其中最顯著的差異是鯉科魚類一般含有25條染色體，但是東亞鯉科魚類卻只有24條染色體，這是因為與斑馬魚同源的22號和10號染色體發生了融合。鰱魚、鳙魚的分化時間大概為360萬年以前，是兩個獨立物種，但具有非常近的親緣關系。群體基因組學分析檢測到從鳙魚到鰱魚的基因滲入，證明這兩個近緣物種之間可能存在自然雜交現象。同時，研究人員檢測物種分化的區域，主要和生殖過程和早期雌性發育相關，這些區域可能影響了兩個物種早期的物種分化，生殖隔離和環境適應。

水生所副研究員楊連東、博士甘小妮及深圳華大基因股份有限公司副研究員簡建波、高級分析工程師吳斌為論文共同第一作者，何舜平為論文通訊作者。該研究工作獲得了中科院戰略重點研究項目和國家自然科學基金等項目的資助和支持。

論文鏈接：https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1111/1755-0998.13297