根據農林水產省2004年度主要組織調整事項報告，為適應漁業國際環境的變化，水產廳將增強“漁業談判官”、充實漁業談判體制，加強對外國漁船的管理，為提高處理緊急事件能力改革漁業調整事務所體制，調整動植物衛生管理組織，加強動植物檢疫制度等。另外，為促進農林水產品出口，將增設“出口促進室”（暫稱）；為加強政策評價體制將設置“政策評價審議員”（暫稱），以增強合作監督體制。